২০০৮ সালের মালেগাঁও বিস্ফোরণ মামলায় বেকসুর খালাস হওয়ার পর বিজেপির প্রাক্তন সাংসদ প্রজ্ঞা ঠাকুর চাঞ্চল্যকর অভিযোগ তুলেছেন। তাঁর দাবি, তদন্তকারীরা তাঁকে জোর করে প্রধানমন্ত্রী নরেন্দ্র মোদি, উত্তরপ্রদেশের মুখ্যমন্ত্রী যোগী আদিত্যনাথ, আরএসএস প্রধান মোহন ভাগবতসহ একাধিক শীর্ষ নেতার নাম বলানোর চেষ্টা করেছিলেন।
প্রজ্ঞা ঠাকুর বলেন, “আমাকে জোর করে বহু মানুষের নাম নিতে বলা হয়েছিল, যার মধ্যে ছিলেন বিজেপি নেতা রাম মাধবও। আমাকে মিথ্যা বলানোর জন্য অমানবিক নির্যাতন চালানো হয়েছিল। ফুসফুসের সমস্যা হওয়ায় আমাকে হাসপাতালে অবৈধভাবে আটক রাখা হয়েছিল। আমি গুজরাটে থাকতাম, তাই প্রধানমন্ত্রী মোদির নাম বলতেও চাপ দেওয়া হয়েছিল। কিন্তু আমি মিথ্যা স্বীকার করিনি।” তিনি আরও অভিযোগ করেন, “তদন্তকারীরা বলেছিলেন— এই নামগুলো নাও, তাহলেই মারধর বন্ধ করা হবে।”
২০০৮ সালের ২৯ সেপ্টেম্বর, মহারাষ্ট্রের মালেগাঁওয়ের একটি মসজিদের কাছে মোটরসাইকেলে লাগানো বিস্ফোরক ফেটে যায়। ঘটনায় ছয়জন নিহত হন ও শতাধিক মানুষ আহত হন। গত বৃহস্পতিবার বিশেষ এনআইএ আদালতের বিচারপতি এ. কে. লাহোতি রায় দেন যে, প্রসিকিউশন এই মামলার অভিযোগ প্রমাণ করতে ব্যর্থ হয়েছে। অভিযুক্তদের বিরুদ্ধে যথেষ্ট প্রমাণ না থাকায় তাঁদের বেকসুর খালাস দেওয়া হয়।